El 24 de marzo de 1980 el Arzobispo de San Salvador, Monseñor Óscar Arnulfo Romero, fue asesinado durante la celebración de una misa, en la capilla del hospital Divina Providencia.
A medida que el conflicto avanzaba, la guerrilla obtuvo apoyo indirecto y directo también de Cuba, y el pleno respaldo del régimen sandinista de Nicaragua, una vez en el poder, tras el derrocamiento de la dictadura somocista de Anastasio Somoza Debayle el 19 de julio de 1979 por la guerrilla marxista del Frente Sandinista de Liberación Nacional (FSLN). El Ejército Popular Sandinista (EPS) de ese país apoyó al FMLN enviándole armas de origen soviético, tales como los fusiles de asalto AK-47 y ametralladoras ligeras RPK, ambos de calibre 7,62 x 39 mm; las ametralladoras PKM de 7,62 x 54 R y las bazucas antitanque RPG-7 a través del Golfo de Fonseca. Se atribuyó la insurrección, la Ofensiva general de 1981 a inicios del mes de enero del mismo año, a una conspiración soviético-cubano-nicaragüense y el 23 de febrero se dio a conocer un documento elaborado por la Agencia Central de Inteligencia (CIA) demostrando el envío de armas a los guerrilleros salvadoreños desde Nicaragua. Muchos sandinistas dejaron sus hogares y se fueron a El Salvador a combatir del lado del FMLN.
El gobierno, por su parte, movilizó al ejército y a la policía a fin de combatir a la insurgencia. Con apoyo del gobierno norteamericano, se estableció los Batallones de Infantería de Reacción Inmediata (BIRI), entre estas unidades de élite, el denominado Batallón Atlacatl. El gobierno de Estados Unidos envió al ejército salvadoreño, la Fuerza Armada de El Salvador (FAES), fusiles de asalto M16 de 5,56 x 45 mm, que fue el más usado por la FAES; algunas unidades de esta usaron los fusiles de asalto Heckler & Koch G3 alemán, de 7,62 x 51 mm, IMI Galil israelí de la misma munición del M16 y el subfusil Uzi israelí de 9 mm. La FAES tenía varios helicópteros Huey y Md 500 de defensa estadounidenses artillados, como los usados en la Guerra de Vietnam, con los cuales patrullaban desde el aire las calles de la capital para descubrir a los subversivos, término despectivo con el cual se le decía a los guerrilleros. Se implantó el toque de queda a las 7 de la noche y el reclutamiento de menores de edad en la FAES aunque también hubo menores que lucharon en el FMLN.
En tanto, grupos de militares y policías al margen de la ley, con apoyo de empresarios y terratenientes, crearon los llamados escuadrones de la muerte, que se dedicaban a aterrorizar las zonas rurales y paupérrimas, de donde el FMLN obtenía su mayor apoyo.
En dos oportunidades (1981 con la Ofensiva general de 1981, y en 1989, con la Ofensiva hasta el tope) el FMLN intentó conquistar la ciudad capital, San Salvador, y las cabeceras departamentales sin conseguirlo, pues la FAES rechazó el ataque de los guerrilleros que bajaron de las montañas que rodean a la capital; en la última de las cuales la lucha llegó hasta pocas cuadras de la Casa Presidencial. Cuando el Presidente de Estados Unidos Ronald Reagan tomó posesión del poder el 20 de enero de 1981 presentó esa ofensiva, iniciada 3 semanas antes, como una prueba del avance soviético en Latinoamérica. Los gobiernos de México, Venezuela y Francia reconocieron al FMLN como una fuerza beligerante legítima.
